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时北魏的南边直接面临强大的慕容氏后燕，不过好在算来慕容家战神慕容垂是拓跋珪的舅公，所以在北魏的崛起过程中并没有遭到太大障碍，甚至由于双方面临一些共同的对手，而常常联手。但是随着后燕统一了关东地区，而北魏也渐渐崛起，打跑了铁弗匈奴的刘显后，双方面临着共同的争霸主题，毕竟同一个地区，容不下两个霸主！哪怕双方是亲戚！
登国九年（AD394年）六月后燕帝慕容垂出兵进攻西燕，围攻其都长子，西燕帝慕容永向北魏求援，拓跋珪遂派陈留公拓跋虔及庾岳救援西燕，可是援军尚未赶到，长子就已失陷。慕容永及其公卿大将三十多人都被诛杀，西燕亡。（慕容垂因为拓跋珪出兵援助西燕而大发雷霆！）华北一带只剩北魏与后燕两国互相对峙，魏燕之战一触即发。
然后，就是名场面参合陂了。（本来黄河波涛汹涌，拓跋珪追击不得，谁想天命所在，黄河竟一夜结冰。拓跋大军遂过河尾追，并在参合陂找到了绝好的机会，一招毙敌！）拓跋珪凭此战跃入一流将领层次。登国十一年（AD396年）三月，燕帝慕容垂为报参合陂之耻，亲率大军再度伐魏，他率军密出中山，命人凿开太行山道，出其不意地攻陷平城，留守平城的魏陈留公拓跋虔战死，守城的三万余家部落皆被俘。接着慕容垂更派慕容宝等进逼拓跋珪。拓跋珪此时十分惊惧，打算逃离盛乐避兵，而诸部因骁勇善战的拓跋虔战死，亦有异心，令拓跋珪不知所措。（输于战神慕容垂，也没什么可以丢脸的。毕竟慕容垂很快死了，一切胜利成果最终都归了拓跋珪。）