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进城内，众军知道刘裕已到，无不失去斗志。天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，自缢身亡。（名将刘毅退场，换来名将王镇恶出场，一代新人换旧人。王镇恶是大牛人王猛的孙子，据说出日恶日，故名镇恶。果然妨家人，王家在北方呆不下去，从北方逃奔南方，现位出道，锐不可当！）
接下来的一场内斗，是另一位北伐军老人---诸葛长民，义熙八年（AD412年），时为太尉的刘裕西伐刘毅，诸葛长民以监太尉留府事驻守建康，刘裕的亲信刘穆之当然负责看着他。（此人不像刘毅那样野心勃勃，他正是诸葛武侯的同族，他与刘裕据说有一段蜜月期，当时两人意气风发，诸葛长民说，我作诸葛亮、你作刘备，天下何处不可去！这是隆中、这是君臣际会、这是理想主义者的光辉形象！可惜，很快就要面对肮脏的现实了！）诸葛长民看到了昔日袍泽刘毅的下场，不由说出“昔年醢彭越，今年杀韩信。祸其至矣！”于是向刘穆之探听口风：“人们说我和太尉（刘裕）不和，这为什么呀？”刘穆之却说：“刘裕西征，将年老母亲和幼小弟弟都交托给将军，怎会不和呀！”反手就向刘裕汇报了。（刘穆之又有什么好下场了？不过是忧惧而死又一个荀彧罢了。）反正作一个也是作，作两个也是作，刘裕下定了决心。义熙九年（AD413年），刘裕班师返回建康，不断命辎重与他一同回去，于是拖慢了进度，到了约定回去的日子仍未回去，诸葛长民和百官只得多日在新亭守侯刘裕到来。刘裕及后坐小船入建康，静静的回到府邸东府。三月丙寅日，诸葛长民知刘裕回来了，惊讶之余亦到东府见刘裕，刘裕也命壮士丁旿躲起来，然后才接见诸葛长民。二人见面后，笑谈如平日，诸葛长民谈得十分高兴；就在他放下戒心后，丁旿就走出来，用杖击杀诸葛长民，并将尸体送到廷尉。诸葛长民死后，刘裕立刻派人杀长民的兄弟。大弟诸葛黎民“素骁勇，格斗而死”；小弟大司马参军诸葛幼民逃到深山，被人告发抓回斩杀。（经此一役，北府军宿将被清洗得干干净净。只剩一个有污点的刘敬宣像釜底游鱼罢了。刘敬宣也向刘裕报告诸葛长民反意，意图自保。让我想到了在蜀国报告彭漾反意的马超，在铁拳面前瑟瑟发抖、摇尾乞活的惨样。）
内斗完了还是外战，因为这几年来，谯蜀、桓氏余孽、后秦已经完全沆瀣一气，帝国西边不稳，之前一直靠刘道规国之干城，正是刘道规死了才引出刘毅那档子事，现在刘毅也摆平了，该解决西边问题了。义熙八年（AD412年）十二月，因赏识朱龄石的军事才干和丰富经验，刘裕不顾他人反对，超擢他为益州刺史，命其率臧熹、蒯恩、刘钟和朱林等共领二万人伐蜀。（谈不上擢拔，老的都靠不住嘛。）刘裕曾与朱龄石讨论作战策略，认为谯蜀鉴于上一次刘敬宣伐蜀是从内水攻蜀，会猜度晋军这次想出其不意，仍从内水进攻。他认为谯蜀会置重兵在涪城（今四川绵阳市涪城区），于是决定晋军主力从外水进军成都，以疑兵出内水。果然谯蜀识不破刘裕的批亢捣虚之计，义熙九年（AD413年），晋军成功灭谯蜀，巴蜀地区再入南方版图。谯纵自缢。（在此之前，桓氏余孽已被谯纵送掉，桓谦被迫引谯蜀兵攻荆州而死。）之后，又驱赶仇池杨氏获得汉中。