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者，引起漠北诸部的恐慌。林丹汗西迁以来，虽然取得一些军事胜利，但却得罪了大多数蒙古封建主，使他陷入孤家寡人的境地，离统一蒙古的梦想也越来越遥远。当时漠西和漠北原本就不臣服林丹汗，漠南诸部则在林丹汗的打击下纷纷东投后金。林丹汗虽获得富庶的右翼故地，但因为塞外霜早，颗粒无收兼厉疫盛行，蒙古诸部几入绝境。而各部的抵抗也大大削弱了蒙古大汗察哈尔部本身的力量：插（察哈尔部）之疲甚、饿甚、穷甚，其兵员严重减耗，插有马约备仅收四万，插众不。（这个人的政治能力比不上他的军事能力，更远远及不上他的野心。）..
黄台吉看准这个机会，决定发动对林丹汗的决战，彻底征服蒙古本部。AD1632年3月，皇太极第二次远征察哈尔部林丹汗，遂传令归顺后金的蒙古各部（蒙女干）速率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁（哈喇慎）、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约十万。当时林丹汗驻帐于宣府边外，听说后非常震惊，这怎么打？于是率众西奔。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天下旬进驻归化城，得知林丹汗已渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。（满蒙大战的时间，大明在干什么？哦与流寇死掐呢，家家一本难念的经！）
林丹汗亡命青海，逃难过程中部众大量流失。同时又缺少粮食，甚至到了杀人易食的地步。（当时青海还有虎视眈眈的卫拉特固始汗在，他是黄教拥护者。林丹汗从黄教改宗红教，对他的政治生涯是一个致命打击。因为蒙古绝大多数人是信仰黄教的。喇嘛教红黄之争，要追溯到忽必烈帝师八思巴，其人受封大宝法王、管领藏地，其传人为乎图克图，永镇藏地。因其一派尚红色。故世俗称之为红教。）AD1633年间，林丹汗无数次攻掠明边，甚至和洪承畴交手，都是为了获得粮食。林丹汗想东山再起，可惜上天不给他这个机会了，就在AD1634年夏秋之际，林丹汗因天花死于青海大草滩，结束了叱咤风云的一生。他是最后一个矢志于统一蒙古诸部、恢复九斿白纛昔日荣光的大汗，也是最后一位公认的黄金家族直系血统的传人。在他之后，所谓蒙古大汗就是一个笑话了！
林丹汗死后，饥寒交迫的林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲率领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，希望他移帐漠北。这时，皇太极于AD1635年2月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵一万，第三次远征察哈尔蒙古本帐。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲所在地。四月二十日，后金兵渡过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包围了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。于是苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为博格达车臣汗，乃于翌年建立大清帝国。（蒙古本帐的下场可谓是十分凄惨。林丹汗的八大福晋，被满清黄台吉霸占，果然消灭传承的最好办法是妻之，果然女人是没有民族的。八大福晋之首，林丹汗的正室，多罗大福晋囊囊，姓博尔济吉特，名娜木钟，封为麟趾宫贵妃。八大福晋中的苏泰大福晋，黄台吉将之嫁给了堂弟济尔哈朗。八大福晋中的芭德玛瑙伯奇福晋也姓博尔济吉特氏，名芭德玛瑙，封为衍庆宫淑妃。八大福晋中俄尔哲图福晋，被皇太极许配给了兄长阿巴泰，理由是俄尔哲图原为阿巴泰已经去世的元配嫡福晋那拉氏的妹妹。八大福晋中苔丝娜伯奇福晋，被皇太极许配给了自己的儿子豪格。另，至于林丹汗的传国玉玺一说，中国自古有传国玉玺的传说，和氏璧嘛，各种传说。。。据说唐后就下落不明了，后来据说在草原找到了，难
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