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中亚和叶尔羌汗国（乌兹别克人，出自青帐汗国，也算蒙古别部）打秋风等事情上，都还是保持着极高的团结性。直到明末伴随着准噶尔部（绰罗斯部）的再次壮大，事情又一次发生了变化。（卫拉特四部在强力的也先太师之后，就在鞑靼与漠北喀尔喀部的阿尔坦汗的压力下不断西迁。空出草原的中央舞台让给鞑靼表演。卫拉特四部中，和硕特部占领了青海一带，并对乌斯藏有攻略；绰罗斯部则远走叶尼塞河上游，他们与杜尔伯特部一起，建立了准噶尔汗国，直到明末壮大后回到新疆伊犁河一带；而土尔扈特部走得更远，他们一直西去到了伏尔加河下游，深入俄罗斯，并长期在沙皇底下过活，后来还有所谓东归英雄传云云。。。）.
伴随着明末准噶尔（绰罗斯部）的再次实力壮大，和硕特部的整个卫拉特盟主的地位便因此受到了直接挑战。当初和硕特部之所以能成为当时卫拉特四部的盟主，是源自和硕特的祖先，成吉思汗的二弟拙赤合撒儿。即具有黄金家族血统的和硕特部，有资格称汗，从而与东面的蒙古各部分庭抗礼。其自身实力并不够强。而在准噶尔部崛起后，自身硬实力不足的和硕特部，在车臣汗时期，只能让准噶尔部的巴图尔珲台吉共为盟主。
不过对于和硕特部来说，更大的问题则是此时和硕特部已经一分为三。其中除了作为本家的车臣汗一支，还有昆都伦乌巴什所率在伊犁河谷的一众，以及由后来的固始汗所率，进入天山南麓的一支。其中前者因为反对准噶尔部与和硕特部共为盟主，最终被准噶尔部胁迫土尔扈特部和车臣汗击败。因此，此时固始汗所率的一支，可以说就成为了和硕特部的希望。
固始汗可以说也是一段传奇，他起先也是受到准噶尔部（绰罗斯部）的压制，因此干脆放弃了天山北麓草场，转而进入南疆和青海北部。由于在之前进入青海的土默特部衰落，因此喀尔喀蒙古一部首领却图汗，在蒙古察合台部首领林丹汗的支持下，占据青海。同时，还有一个重要背景，西藏地区的噶玛王朝统治者藏巴汗笼络和他一样信仰白教的川藏木府土司、却图汗，以及信仰苯教的仁蚌巴土司，一起对抗当时有大量民众基础的黄教。