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河屯驻军以为俄军发起全面进攻，开始回击海兰泡，“黑龙江事件”正式爆发。
面对边防军的进攻，海兰泡城中的沙俄军队一面反击，一面对城内的华人大肆搜捕，仅第一天就杀害了近六百人。
闻此消息，驻瑷珲边防军司令，第十一师师长龚文尧一面派出人员前往交涉，一面调集军队，做好猛攻海兰泡的准备。
海兰泡中居住了1.5万的中国人，其当地治权归属中国，***归属俄国，在这一个月中，已有数千人逃离海兰泡，渡江前往瑷珲等地寻求庇护。
对于逃亡的华人，俄军派出起兵冲击渡江人群，扣押渡船，射杀试图凫水渡江的民众
在渡船被俄军扣留之后，边防军派出兵轮黑甲二、黑乙一、二号前往俄边交涉，强行运回边民一千余人，另有数百余人趁夜色凫水渡江，死伤不明，上岸者仅四百余人。
在沙俄开始搜捕华人之后，又有一千余人逃出城外，其中六百多人跑的较远的被边防军解救，剩余人被俄军追回。
前往交涉的两名边防军军官和二十余名士兵均被沙俄囚禁，当地中国居民代表也被沙俄哄骗。
第二天，沙俄再度进行了一次大屠杀，将一千余老弱病残，甚至包括四十多名一岁不到的婴儿，拉到城头，借此威胁边防军撤军。
由于在海兰泡的兵力不占优势，边防军也属意通过谈判解决问题。
俄军假意同意中方的要求，开始安排人员与边防军交接。
1900年7月17日，俄军给数十名哥萨克套上军装，不携带武器，要求中方也不携带武器，双方在江边交换人质。
当四千余名当地百姓抵达江边，开始登船后，俄军炮兵突然开炮，向包括哥萨克在内的所有人覆盖火力。
由于谈判中双方同意不使用军舰运载平民，因此前来渡江的船只均为木船，很快就被俄军的炮火击沉。
在持续了一个多小时的炮击中，近千人因炮击、溺水和踩踏身亡，数百人失踪。.