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沣等人主持新政。
1896年，清廷陆续设立了陆军部和海军部，开始了新军的建设，在陆军方面，之前清廷号称要编练十二万新军，但等到真正入手才发现，根本养不起。
东南巡阅府一年税收七千万华元（约合一千万英镑），手握1600万赔款，尚且只能维持二十万人的陆军，自然就更别说清廷了。
但好在清廷也没有了甲午和庚子赔款，手中还稍微有点盈余，加加税，苦一苦百姓也成功建起了一支新军。
但这支新军也是命运多舛，其编制一直到1896年末才正式敲定，且原计划由直隶总督裕禄统辖训练等事宜，但中间几经变化，最终这一职权居然奇迹般地又落到了袁世凯手中，让人不得不感慨万千。
人事斗争的结局就是清廷的新军成功被划分成两列，第一列为武卫军，由铁良统帅，下辖四镇；第二列为北洋军，由聂士成统帅，下辖两镇，六镇共计7.2万人。
在编制上，袁世凯等人决定直接照搬东南陆军在甲午战争前的编制，但在称呼上，为了有别于“东南逆党”，光绪皇帝钦定了“镇、协、标、营、队、哨、棚”的称呼。
相比于富裕的东南，清廷现在的日子可是过的苦哈哈，关税基本丢了，只剩下天津、山东和两广；农税倒是还好，湖广和四川还在；厘金也断了大半，盐税只剩下川盐了，全国总共加起来也就四千多万元，加上东南岁献和铁路收入等，刨除各项国家和地方开销，军费勉强也就只能支撑起这一支军队。
所以清廷新军的装备上要弱的多，重武器上，一镇只有机枪16挺，75口径大炮32门，迫击炮各军不尽相同。但即便如此，六镇的装备费用还是花去了九百七十万元，除了装备，六镇每年的各种费用高达一千万元，让清廷压力山大。
而直隶水师就更惨了，按照裕禄最初的设想，是想要向外订购一系列军舰，以图自保。为此，裕禄向光绪皇帝上书，请求派人出洋考察各***舰。同时，裕禄又特别举荐了北洋故旧姚锡光，开始谋划直隶水师的建设。
在1896年夏天，姚锡光向光绪皇帝上书，谓之《拟就现有兵轮暂编直隶经制舰队说帖》，后又与刘步蟾、林泰曾等前北洋水师舰长们商讨，定下了《暂拟行海军章程》，开始就直隶现有舰船编练成军。
编制是恢复了，但经费又成了问题，在直隶水师建立时，曾获得了一笔近百万两的经费，但这笔钱就连支付北洋各舰修复费用和向船政订购的四艘战舰的尾款都不够，自然就更别说继续扩张了。
等好不容易还完尾款之后，直隶水师就再也没有收到过一分钱的购舰经费，就连日常的维护和训练费用都需要裕禄和丁汝昌等人四处奔波，东平西凑才不至于让军舰烂在港里。
总的来说，东南并不担心清廷的新军，真正让东南巡阅府感到不满的是清廷与沙俄签订了一系列条约，出卖了清占区的路权和许多矿产。
1897年6月，清廷在俄国公使的怂恿下，派出使者前往圣彼得堡，签订了《清俄友好协议》，将西域、甘陕等地的路权和一些矿产出卖给沙俄。
对于清廷偷偷摸摸干的事情，东南巡阅府立即做出了反应，强令清廷下旨，将湖广、两广、河南等地的路权交给东南巡阅府处理，同时宣布不承认《清俄友好协议》。
对于东南巡阅府的作为，清廷中央自然表示了震怒，但也仅仅是怒了一下，然后不情不愿的给了东南巡阅府云贵川三省的路权。
意思很明确了：你要是能拿到，那就去呗，反正我不管了。
同时，清廷还将北洋军和武卫军调到山东边界，防止东南直接出兵，而此时正好是日本事件发生，法俄等***队陈兵南北，盯着东南，导致东南的精力被牵扯住，只能放弃原诉求，与清廷各退一步，改为将西域、甘陕
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