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调兵亲临大堤，和以齐大柱为首的民众奋力抗洪，最后被迫在淳安县和建德县分洪。淳安建德遭受重灾，另外七县幸免于难。这给严党兼并九县土地的企图受挫。
胡宗宪追究灾情，杨金水郑泌昌和何茂才无法交待，推出马宁远、常伯熙、张知良、李玄顶罪。胡宗宪明白局势严峻牵连颇多，秘密提审了马宁远，为稳定大局先斩后奏，斩了马宁远、常伯熙、张知良、李玄。
又上疏朝廷，请求缓办“改稻为桑”，并怀揣马宁远的供状，准备进京面圣。浙江事发，严世蕃和罗龙文、刑部右侍郎鄢懋卿不得不向严嵩报告了毁堤淹田之事，得知内情的严嵩暗自叫苦，决定马上进宫面见嘉靖帝。
嘉靖帝下旨召见吕芳、严嵩、裕王三方的人员杨金水、胡宗宪、谭纶暗问详情。此时，杨金水奉诏入京，却不知将发生什么事情。
被严世蕃蒙蔽的严嵩等不见胡宗宪，内心对胡宗宪不免疏远了起来。而严世蕃也已经为胡宗宪写好了辞呈，逼胡宗宪请辞。
嘉靖帝已经提前从杨金水口中，得知浙江“毁堤淹田”确为严世蕃指使，也明白胡宗宪是个能够识大体、顾大局、肯实心用事的人。浙江是朝廷的赋税重地，又有倭寇入侵，百姓还得安抚，东南只有胡宗宪能镇得住。
但国库空虚，嘉靖帝明知严党层层盘剥，也还得靠严党去敛财，浙江的事又必须尽快执行。于是嘉靖帝接受了严嵩的建议，让胡宗宪辞去浙江巡抚的兼职，只任浙直总督一职。令其既能够把握大局，又能专心剿倭，打通海上的商路，保证对外贸易正常进行。
同时，嘉靖帝也肯定了裕王派往浙江的谭纶，并鼓励裕王继续派人，以免严党肆无忌惮激起民变。