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明日为平人。在乱离之中，匿形迹、藏姓名，见年老者呼之以"翁"、年少者呼之以"伯"、"叔"，万一得全报父母仇，无忘吾今日戒也！”在场之人无不痛哭失声。不久王之心卒，栗、王二人将朱慈烺交给李自成。（这三人被提前预知真相的上吊帝给处理掉了）
朱慈烺见到李自成，昂然挺立，李自成命朱慈烺下跪。朱慈烺怒道：“吾岂为若屈耶？”李自成厉声斥责道：“若父皇何在？”朱慈烺说：“崩于南宫矣！”李自成又说：“汝家何以失天下？”朱慈烺说：“我何知？百官当知之。”李自成不能让朱慈烺屈服，便息怒说道：“汝父在者，吾能尊养之。”朱慈烺又说：“何不杀我？”李自成说：“汝无罪。”朱慈烺说：“若是，则速以礼葬我父皇、母后。百官无义，且必朝贺矣！”李自成命朱慈烺同坐饮食，朱慈烺不肯吃，李自成就把他送到刘宗敏营保护。其后又封为宋王。思宗夫妇下葬时，朱慈烺从白天哭到黑夜，不肯离开帝后梓宫。
四月十三日，李自成率军东征三桂子，朱慈烺兄弟随行。此后便不再有他们下落的确切记载。根据一些可靠度存疑的传闻，李自成在山海关之战前夕派张若麒等三桂子谈判，并迫于三桂子之要求，交出朱慈烺等人，并约定向被称为“大明朝义兴皇帝”的朱慈烺交割顺天府及合力抗京的誓书。朱慈烺的手敕也在五月初一日传至北京，使用“义兴”年号，称自己将在五月初三日入京。司礼太监王德化等已准备好法驾卤簿迎接朱慈烺。吴三桂请求摄政王爱新觉罗·多尔衮立朱慈烺为帝，多尔衮不许，吴三桂便将朱慈烺在晚上送至高起潜处，也有说法是偷偷送到皇姑寺。（至于真实性，需要打一个大大的问号？）至于后面又出现了南北太子案，朱三太子案，流落岭南，被闯贼李自成挟持等一系列，真实性非常可疑的历史传闻，都没有任何的实质依据！因此采信度不大）
这个小娃娃真可怜呀，如今老子没了，这位子可朝不保夕的！那你怎么打算处置，魏晨兄？你问我咋处置？这可有点犯难了！要不咱干脆学明太祖那一招，把它沉到江里面或者湖里面！可不能胡来，如此一来，这可头疼的呀！