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闰二月，明军攻克大理，段氏就擒。明军继克鹤庆（今属云南）、丽江（今云南丽江纳西族自治县）等地，至此平定云南全境。
平定云南以后，明朝政府为开发西南，巩固边防，于洪武十五年（公元13@精华书阁年）二月建立云南都指挥使司和云南布政使司，管理云南军政事务，并于军事要冲地区，设置卫所，屯兵戍守。
朱元璋分云南为五十二府、六十三州、五十四县，大大加强了中央政府对云南边陲的治理。
待见到明军强大的武力后，云南边外的缅国、暹罗等小国胆战心惊，生怕明军的大刀误伤自己。于是，他们纷纷派遣使臣请求内附。
看到万邦来朝，朱元璋自然十分欢喜，便同意了他们的请求。在今天的东南亚腹地，朱元璋设置了木邦、孟养、缅甸、八百大甸、车里、老挝六个宣慰司。
之后，乌撒各部发生复叛，均被官军镇压。至洪武十七年（公元1384年）三月，傅友德、蓝玉奉命率征南大军班师回朝，义子西平侯沐英统兵镇守云南。
此后，沐氏子孙世代承袭，经理云南达260余年，尽职尽责，与国同休，直至明朝灭亡。