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交战和袭扰战山地丛林战，在大规模交战中也避免了军种协同不灵的问题。由于大部分明军数百同一军种者由同一人指挥，与其他军种队配合时各队依自己意志，这一问题相当常见。在训练和指挥上，同一小队中同一兵种如盾兵长枪兵有一固定长官，但没有职位也没有报功等权力。军中最小权力单位即特混旗，因旗长负责基层考功、管理，刘陵特令旗长必须参加识字班。为避免其滥用职权，刘陵也令每一名普通士兵都可以向镇抚申诉。刘陵不认为这会动摇军官权威，他一直认为公平的环境可以让士兵对军队更有归属感。
五个小旗，留（暂缺）编制五人弗朗机炮队（炮用马拉跟随行军），加镇抚一人，百长一人，副一人，卫队两人，塘马两人，鼓号三人，后勤支队二十人（由纤夫中产生）共计百二十人为一司。
五司，加（暂缺）炮队计十弗朗机，乃至两门轻质化红夷大炮（炮用马拉跟随行军）七十人，加（暂缺）冲击重骑二十人，加塘马二十人，加鼓号二十人，加后勤总队二百人（由后勤总队中产生），加营卫队百人（由千总确定其编制和武备），加镇抚总队二十人，正副千总两人为一营，计一千零五十二人。
另有骑兵营，编重甲冲击骑兵百人（暂缺），配备三眼铳、长矛、骑兵磷甲的常规骑兵三百人，仅批披甲，持弓及弯刀以及个人擅长武器如线枪等的轻甲侦骑也就是夜不收百人，共计五百人，设五骑兵佰总，设一骑兵把总。
女真人整编计两千人，以什、佰、仟为单位编制，设两千总。
另编亲兵营，设五百总一把总，均为可以骑马、步战两用的部队，武备配置全军最为齐全，军兵也是经过选拔最为勇悍忠诚的。
其中第一营由杨立任千总，驻扎镇北城。
第二营由李平任千总，驻扎镇北城。
第三营由张立万任千总，驻扎努尔干城（庙街），其部超五百人尚在镇北城，在春节后转移至努尔干城。
骑兵营，由赵英任把总，驻破虏寨（即靠近原登陆地点的北方营寨，同时管辖原海筏）。
亲兵营，由陈庭任把总，始终跟随主帅刘陵。其五位百总均为原锦衣卫成员。
两个女真兵千总队，其中百总以下军官由女真人自行推举，百总由在女真人中取得威信的宣教者和女真人中忠诚且汉文化程度高且有一定威望的人各占一半。千总则是两名原锦衣卫成员，分别是顾迁和陆卓，因为在一路转战中表现突出且熟悉女真语言获得任用。其驻扎地在赫哲部大寨，也是名义上的卫城。
在人事和编制得到确认后，各部很快进入紧张的拉练中，以期尽快形成战斗力。
紧张的气氛在腊月二十三，小年这一天告一段落。全军编练暂停，在物资紧缺的条件下凑出了两挂鞭炮的红纸、火药，很多军士第一次对鞭炮的制成如此期盼。灯笼苦于原料不足，无法扎起，但在全军的努力下，凑出了够照亮全城的火把；至于饺子，在当下粮食肉类都不缺乏的岛上自然不是问题。
随着除夕夜的降临，士兵们自发聚集在大帅府面前，看着刘陵点燃了新年的两挂鞭炮。有的人竟然对着闪动着火光，爆发着声响的鞭炮许下了愿。开始只有几人，后来竟至成百上千人，也难怪，在这艰苦的条件下总要有分美好的愿景和心灵中的平静。
鞭炮放罢，便是本夜的重头戏——数千将士一起在校场上吃大锅煮出的饺子。各级将官于士兵不分彼此，都用洗干净的树枝从大锅中捞着饺子，香味飘遍了全城，欢笑声也充满了全城……