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云南承宣布政使司当局就令干崖宣抚使司、南甸宣抚使司土兵赶赴金沙江救援，又令明蛮莫安抚使：思正，出兵坎哈城截断缅军归路。
打得缅军被击溃。
10月初7日，明神宗得知消息事情后大怒，当即就下令剥夺明四川总镇巡抚：谭希思、明贵州总镇巡抚：江东之，的职位，以明都察院右副都御史：郭子章，代替“贵州总镇巡抚”一职，在以明湖广川贵总督：李化龙，代替〈四川总镇巡抚〉一职。
并调明四川都指挥同知：刘綎、明大同总镇总兵：麻贵、明湖广总镇总兵：陈璘、明蓟州总镇总兵：董一元，迅速集合。
所有南征众将，都统一划归到明湖广川贵总督兼四川总镇巡抚：李化龙，的指挥下。
还命令明湖广川贵总督负责，驻守在四川承宣布政使司重庆府进行军事调度。
11月初9日，叛贼首领又屯兵官坝堡，声称窥蜀，然后悄悄回师东进，焚烧东坡烂桥，使得黄平安抚使司、贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，两处所在告急。
接着播州宣慰使司叛军，又进兵贵州都指挥使司偏桥卫，前去掠夺兴隆卫、镇远卫，打通黔楚线，后兵分五路攻破贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司。
很快明湖广川贵总督兼四川总镇巡抚，就商议要安置重兵万人，据守要害，以打通湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司，这两处通道。
但是明贵州总镇总兵：童元镇，却拥兵在铜仁府不敢上前，被革职戴罪立功，改由明四川总镇副总兵：李应祥，代替，还命明都察院右佥都御史：江铎，巡抚偏桥卫、镇远卫、镇远府，以监视明偏桥卫指挥使：陈天宠，好防止他勾结播州宣慰使司叛军。
明万历二十八年1600年正月12日，叛贼首领：杨应龙，统兵数万，从五路攻陷了贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，逼得朝廷讷各布政司人马会剿。