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，明大同总镇总兵则到达南阳府，洪军门提出以西安府商州、雒南县，为流寇活动区，汉中府、兴安守御千户所、平利县，为流寇寄留之境，令明大同总镇总兵带领天雄军出河南府阌乡县，直捣西安府商州、雒南县，压制兴安守御千户所，一带的流寇们无处藏身。
5月11日，明大同总镇总兵连夜赶到西安府商州、雒南县。
流寇们以山路险要设伏，但被天雄军识破，明大同总镇总兵直接架起火炮击败流寇伏兵。
之后明宣府总镇总兵：张全昌，自西安府咸阳县出兴平县之东，农民军：老回回（马守应）负责抵抗官兵，流寇连营有五十里。
这时明西安府总兵：贺人龙，趁机南入西安府长安县子午谷巡检司夺其南径，再由明汉中府总兵：刘成功，以及明兴安守御千户所游击将军：王永祥，往东南北走夜渡河进入凤翔府郿县，明五司总督也渡河追去。
明军一直追到凤翔府王渠镇巡检司，逼得流寇们无处可逃了，方才下马往凤翔府岐山县方向跑去，准备转入山中存活。
但贺疯子部陕西明军却勇猛追击，斩杀正在登山的流寇。
其余兵马也陆续赶到这里，明军们在岐山脚下架炮轰炸，再出动步兵与火铳队进山搜索流寇，其中明宣府总镇总兵率领的明军非常卖力，在半山腰就斩杀了许多流寇。
吓得部分流寇们被迫诈降下山，在冲出明军包围圈往东逃入西安府商州、雒南县，以及终南山一带藏身。
6月21日，明河南总镇巡抚：玄默，因剿贼不利，被朝中东林党派弹劾下刑部大狱。
接着圣旨下达，免去明陕西总镇巡抚：李乔，官职治罪，以“庸懦玩寇”为罪名，说其剿不灭流寇，改由明都察院右佥都御史：甘学阔，担任〈陕西总镇巡抚〉。
之后农民军：摇天动，趁机袭击巩昌府西和县。