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飞机换装鱼雷还没有完成，如果马上发动进攻，也没有战斗机护航。
而且舰上的跑道被起飞的飞机占用，那么油箱空空的第一攻击波机群会掉进海里。
南云决定把攻击时间推迟，首先收回空袭中途岛和拦截美军轰炸机的飞机，然后重新组织部队以进攻美军特混舰队。
8时37分，返航的飞机开始相继开始降落在四艘航空母舰飞行甲板上。
8时40分，15海里以外的弗莱彻少将率领的第17特混编队的约克城号航空母舰上起飞了35架战机。
9时18分，全部飞机的作业完毕。南云命令舰队以30节的航速向东北航行，向美军特混舰队靠近，以避开再来攻击的中途岛方面美机，准备全力进攻美军特混舰队。