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他们分别去信给教宗和皇帝解释，希望两者可以理解地动说的正确，尝试修改宗教典籍，而非否认现实：是抄录典籍的人错误地理解了教义，而非上帝出错。同时，他们也暗示二人，花无缺不可力敌，千万不要爆发更大的冲突。
教宗是伽利略的好友，但是他并不是一言堂。罗马的异端裁判所虽然名义上是由教皇直辖，但实际上受所谓中央法庭管理。中央法庭由六位红衣主教构成，他们对于地动说的想法完全相同：异端！更别说教宗自己也不认可地动说，他便没有阻止裁判所动手。
至于花无缺不可力敌的说法，难道宗教裁判所，会没有高手？
皇帝对于裁判所就完全没有影响力了。虽然他比较相信开普勒的学问，但是跟教宗和裁判所保持一致，有助于他的统治。他的天主教联盟，教宗是背后的金主之一：每年都资助他很多钱，去打与新教徒的战争。所以皇帝也没有阻止裁判所动手。
裁判所出动了大量高手，再次包围了伽利略他们的研究所，然后再次被花无缺给打了出去。
有激进的红衣主教一怒之下提出要把花无缺打成恶魔，出动大军围剿，但被理智的其他红衣主教给劝住了。他当然也是说的气话，他岂会不知这种高手无法力敌？但身处的立场不允许他妥协。他们现在已经骑虎难下了！
关键时刻教皇站了出来，他表示要代表主驱逐恶魔。
然后他孤身来到了研究所，凭借和伽利略的友谊，提出了此事的解决方案：教宗个人可以赔偿花无缺的各种损失，但是希望花无缺能够离开教廷的势力范围。而地动说，并不是他不想认可，而是现在的政治局面，导致教廷不能在这个时候出现错误，否则会给新教联盟巨大的攻击他们的机会。所以，希望伽利略和开普勒如果非要研究和推广地动说，干脆远离欧洲，去大明去吧！
同时，他表示可以给二人一系列政治头衔和宗教身份，请他们像利玛窦一样去东方传教吧！
教宗对花无缺的赔偿诚意十分足，他拿出了《智士篇》《理想国》《形而上学》的原本。
这分别是苏格拉底、柏拉图和亚里士多德的著作。都是希腊语书写的，花无缺虽然不会，但是伽利略很熟练。他向花无缺解释了这三本书和其作者的地位，花无缺明白了，这在欧洲学者眼中，大致相当于孔子手书的《春秋》，老子亲笔的《道德经》。这还有什么说的，这东西连花无缺都不得不承认是很有诚意的。
而且教宗希望伽利略等人跟自己回大明，这太合花无缺心意了，花无缺点头认可，期待地看向二人。