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说到：“孩子，我想明白了，现在已然不是太平年月，仕途已然走不通了！如今是乱世，是比拳头大小的时代。等这边的事一了，你就投军去吧。吴开先将军的护***是大明最有朝气的队伍，你就去投他，从普通小兵踏踏实实地做起，说不定就此能改变父祖懦弱的根。”
少年点头答应下来，孙露出欣慰的笑。不久探视时辰已尽，门外狱卒敦促，少年向孙元化恭恭敬敬磕了三个头，挥泪作别。
数日后，缇骑进入昭狱，提出孙元化、张焘押赴西市。午时三刻，原右佥都御史登莱巡抚孙元化和总兵官张焘，因封疆失疆和丧师失地被斩于市。同日，原山东巡抚余大成，充军发配三千里；原登莱道宋光兰、辽海监军王徵，充军发配三千里；原兵部尚书熊明誉，革职听勘；原兵部侍郎总督山东军务刘宇烈，逮入昭狱。
此时，他的老恩师徐光启正拿着他最后的字迹在默默流泪，上写道：
幼年求学壮从军，悲时艰，天地可有路？
命薄长辞知己少，回眼望人生，所处皆苦。
欲将只手擎天柱，未曾料，祸起萧墙处。
书生报国如临渊，一朝不慎，便以命来补。
人生勇担当，何顾荣辱！
谁不是？生命如苇，功名如土。