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于北祁连，赋存的矿产有铜铅锌、金、磷、钒、铀等矿产；奥陶系主要分布于北中南祁连，赋存的矿产有铜、铅锌、金；志留系分布于南北祁连，赋存的矿产有铜、金、铁、铅锌；泥盆系分布于北祁连，赋存的矿产有金、铅锌、汞；石炭系分布于北中南祁连，赋存的矿产有煤、金、铁、铅锌；二叠系在南北祁连，赋存矿产有金、铁、煤；三叠系主要分布于南北祁连，赋存矿产有金、汞、锑；侏罗系在祁连山有分布，赋存的矿产有煤、石油；白垩系在祁连山有较广泛分布，赋存的矿产有煤、石油；新生界在祁连山分布广泛，赋存的矿产有石膏、盐类、砂金矿等。