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山日益稳固，吕留良时刻惦记的抗清复明基本上已成泡影，这愈发增加了他的愤世嫉俗之感。
吕留良早衰，年四十余须发灰白齿落过半，且幼有咯血疾，遇有怫郁即发。
康熙二十二年，吕留良重游杭州，所写诗篇收入《欬气集》中。
这年八月，吕留良因病与世长辞，终年五十五岁。
临终前数日，吕留良仍勉力补辑《朱子近思录》及《知言集》，作《祈死诗》六篇，子侄弟子劝其休息，答道：“一息尚存，不敢不勉。”
吕留良临终时勉励门人“细心努力为学”，告诫后人一定要恪守“孝友大义”。
忽然吕留良又说：“我此时鼻息间气，有出无入矣。”
门人呼“先生”，留良答曰：“人皆如此！”声音半涩而字义楚楚。
随后吕留良令众人退出，作揖“拱别者三四”。于是从容正容，展伸其足，叉手安寝而逝。.