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一朝的统治稳固逐渐消失。
但是到了康熙一朝的中后期，随着官僚集团的腐败和政府工作的失败，海盗开始小规模出现。
经历雍正、乾隆时期又开始发展壮大，最终在乾嘉年间成为清朝政府的海防大患。
从浙江到广东沿海，这些清朝渔民组成的海盗纵横东亚的海域，这也是著名的“艇匪”。
但是这个时候海盗集团和明朝时期的海盗集团有很很大的区别，明朝时期的海盗的成员组成很大一部分是海商，但是清朝的海盗集团却是由破产农民、渔民、平民组成。
乾嘉年间的海盗有福建蔡牵集团，巅峰时期船只数百，成员超过2万多人，曾经联合反清会党一度攻入台湾;
浙江有凤尾帮海盗，广东有红、黑、黄、蓝等旗帮海盗。
这使得当时的嘉庆皇帝忧心忡忡，但是大股海盗在清政府剿抚并用的手段下不是被歼灭，就是投降。但是小股海盗的行动一直延续到了清朝末年。.