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藏有中国文物，珍品也是数不胜数，数量估计在数十万件。
博物馆的主体建筑由象征日本历史的建筑物构成，历来被称之为“美术馆建筑与博物馆建筑的博物馆“。
主馆中分类展出了日本美术品、出土文物、工艺品。东洋馆中陈列着亚洲、埃及等地的美术品和考古文物。另外法隆寺宝物馆中收藏有7至8世纪奈良法隆寺中的宝物约300件。
馆内时常举办以某一专题为中心的“专题展览“以及跨学科的展览。
该馆设总务部、学艺部和资料部开展管理、科学研究、教育普及工作。除馆内研究人员外，还聘请大学教授担任客座研究员，深入开展藏品的研究，出版有《东京国立博物馆美术志》月刊。该馆每月举办讲演会，内容包括学术讲演，专题展览的纪念讲演会，文物、考古或艺术电影放映会等。此外还制作反映该馆陈列的电影片、馆藏文物幻灯片供学校和社会教育机构利用，并复制发行，以争取更大的社会效益。每年观众约100万人次。
该馆新建了建筑面积6434平方米的资料馆，1984年开馆。设综合索引室、综合阅览室研究室、讨论室摄影室、书库，为馆内外利用者服务。
另外，法隆寺宝物馆所珍藏古飞鸟时期和白凤时期的古老文物，则极具历史意义和文物价值。
收藏的11万多件文物个个都有着珍贵的历史和艺术价值，但位于这些文物之首的则是日本政府所指定的87件国宝和610件重要文化财产。
这些顶级文物中有一批是来自于中国的，主要包括武周时期的《阿罗憾墓志》、宋元时代的绘画、中国东京国立博物馆藏的中国瓷器的古典（如王勃集）和中国的书法等文物。而仅仅是在宋元时代的绘画中，就有南宋李生的《潇湘卧游图卷》、南宋李迪的《红白芙蓉图》、南宋梁楷的《雪景山水图》和元代因陀罗的《禅机图断简寒山拾得图》4幅作品获得了“日本国宝”的桂冠。