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安插了明暗两组锦衣卫校事营的人随行作全程见证，几次操作对比之下，海运效率比起河运的优势一目了然。而且最早丘浚提议海运时有人攻击丘浚的只计算物资损失，没有计算巨大的人员损失说法也不攻自破。
从第二年开始，海运频率大增，只要是安排期就上路，一年或者三四次，或者五六次，河运的作用急剧衰落。果然不出所料，还是有人像当年张奂攻击王宗沐一样跳了出来，有言官攻击海运，理由也还是故伎重施，说“风闻”海运中途遇上风浪损失了几艘船和水手货物，钱谦益为了遮掩事后花钱买货补齐了。钱谦益和汪汝淳自然上疏自辩没有这回事，要求朝廷派员彻底查清事情真假。
崇祯本来就防备这种事情，先冷眼旁观没有出手，希望有更多的人跳出来一次性解决掉。果然又有一大批言官跟风弹劾海运，接着又有新提拔上来的户部侍郎级别的官员根本没有调查就指责钱谦益和汪汝淳造假，说海运风险太大，还是停下来吧。看对方已经暴露地差不多了，崇祯才最后收网，随船锦衣卫校事上疏说海运损失的事情子虚乌有，最初上疏的那个言官也不是“风闻”，是收了别的人的贿赂凭空捏造，公布了相应证据。言官的职务犯罪本来就应该从重处罚，直接判了死刑。
这次为了收拾地彻底，审讯时沈飞亲自出马，一个个用了移魂大法取得了口供和线索，再顺藤摸瓜查到证据，牵扯出了十几个大大小小的官员，经过审理判罪后杀的杀，流放的流放。言官里凡是受贿的全部砍了，对其他跟风的人崇祯也下旨进行了申斥，背后的河运相关利益势力也直接抄家了五户，河运派势力遭遇了毁灭性打击，海运阻力彻底消失。
新版的五万戚家军已经建立训练完成，阎应元已经回到了北京重新主持锦衣卫和京营的工作，白杆兵也已经扩充到了五万，并且增加了许多新的武器和配合使用的战术，并且建立了各地军队之间的交流，互相传播军事技术和经验。
各地军校毕业先进入本地军队，京营士兵到地方军队担任基层军官，一定时间以后可以回京提拔，像戚家军这样的王牌军也可以提拔部分人到京营担任军官。总体上，按最可能面对的敌人不同，各地军队都有训练和擅长的侧重点，比如陆战、水战、山地战，阎应元提议的让天下军人都以进入京营为荣这一点，经过一轮交流完成已经初步成型。
已经策划多时对日本萨摩藩的战事也正式开启，先是由“大使”张溥在琉球掀起了反日运动，组织人手统计出当年日本入侵琉球，劫走国王尚宁等百余人，大肆抢劫一番造成的损失，当时琉球王侍从写的《喜安日记》就记载“有如家家日记，代代文书，七珍万宝，尽失无遗”。
日本强制尚宁签下了臣服萨摩藩文书，扣留了两年多后才放回，只是在琉球各岛派遣家臣担任“在番奉行”，还是有相当的自治权，不过把北部的奄美群岛则直接吞并为萨摩藩领地，设置了大岛代官、喜界岛代官、德之岛代官、冲永良部代官等一系列官员。
经过万历援朝战争以后，明朝和日本关系恶化，收紧了对日本的贸易禁运，只能通过不多的走私，在海盗被郑芝龙吞并以后“经济制裁”更加严重。因此虽然当时日本强行逼迫琉球向日本进贡，不过为了控制琉球当中间人向明朝贸易，还是允许琉球继续向明朝保持属国关系。也确实像《雅骚》里写的当时还有琉球王子在南京国子监读书。那就好办了，安排琉球方向和在南京的代表一起上疏向明朝求援，战争的借口就已经有了。
明朝方面先派使者去日本找到德川幕府，提出要求放回还被押在日本当人质的琉球皇室人员，并且赔偿琉球的损失，德川幕府刚刚经历了“换届”，德川秀忠刚去世不久，德川家光才继任为征夷大将军，又因为万历末年萨摩藩刚进攻琉球时明朝没有插手，对明朝的决心估计不足，还不想管这种破
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