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社的基础上创建新教门，称白莲宗，即白莲教。早期的白莲教崇奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒，但又号称“在家出家”，号召信徒敬奉祖先，是一种半僧半俗的秘密团体。但后来官府日益压迫，特别是蒙元占了华夏江山后，白莲教信徒改信“弥勒降生、白莲救世、天下太平”等，纷纷起来反抗官府外族。
到了元末，明太祖朱元璋借助白莲教势力起兵，打下大明江山。登基后朱元璋又以白莲教有妖邪之说，蛊惑人心为由严禁白莲教。从洪武朝开始，白莲教一直和朝廷对抗，成为历代皇帝的大敌。到了万历十七年四月上代教主韶州府翁源县人王子龙并护法南雄府始兴县人李圆朗在江西龙南起事，并进兵广东南雄府，但后来因兵力不足而被镇压下去。王李二人侥幸带着幸存的教众逃难，逃到广州府东莞县，觅得这莲花山。二人觉得这东莞莲花山名字与白莲教有缘，二来地处蛮荒，朝廷势力难以企及，于是便占了这莲花山，打算东山再起。