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围剿李自成等流贼也取得重大胜利。可以说，剿贼的两大战场上，官军双线告捷。
崇祯九年十月，在陕西遭到洪承畴、孙传庭联手剿杀的李自成等流贼诸部再次开启大范围流窜作战模式，通过广元进入四川，这些流贼大军在四川如入无人之境，连克昭化、什邡、彭县、郫县、新都、西充、遂宁、德阳、罗江等州县达到三十八座，击毙四川总兵侯良柱，于十一月扬兵成都郊外。朝野震惊。
崇祯深痕四川官员无能，将四川巡抚王维章、巡按陈廷谟革职，任命傅宗龙接任四川巡抚，同时调洪承畴入川围剿。洪承畴带固原总兵左光先、临洮总兵曹变蛟、副将马科等精锐部队入川，又檄调延绥总兵王洪、宁夏总兵祖大弼等将领协剿。.
洪承畴到川后，以嘉陵江为防线，阻止流贼向东逃窜，傅宗龙调川兵以成都、阆中为防线，阻止流贼向南。李自成眼见官军云集四川，向东、向南都有重兵把守，但是川西乃少数民族地区，不易发展。在四川肆虐一年后，于崇祯十一年初，李自成带着大军分多路突破官军防线，出川北上，进入陕西巩昌府、岷州卫（今甘肃境内）。
洪承畴带兵一路尾追，李自成进入临洮境内，曹变蛟是临洮总兵，仗着对地形熟悉，对李自成部穷追猛打，多番激战，斩敌六千七百多。曹变蛟不愧是曹文诏的侄子，作战勇猛，从陕西入川，又从四川到临洮，转战千里，二十七昼夜身不卸甲，时刻处于战斗状态。可见双方战斗之激烈、残酷。
在曹变蛟的穷追猛打之下，李自成不得不出塞进入西羌（青海），西羌高原苦寒、人烟稀少，李自成的部下因缺乏食物和保暖物资而大量减员。
李自成不得不重新返回塞内，冲破祖大弼在洮州的封锁，于四月再次进入岷州、巩昌府境内。稍事休整后，李自成率部再次突破官军的重重封锁，沿着秦岭一路东进，在潼关南原遭到官军多路封锁，再次发生激战。
李自成战败，带着刘宗敏等十八骑逃入了商洛山中。
其余在陕西境内的流贼诸部纷纷遭到官军打击，受重挫。流贼大天王在合水被孙传庭击败，投降；混天星在凤翔遭孙传庭狙击，在宝鸡被围，投降；三队、仁义王在秦州兵败，降于左光斗。
侥幸苟延残喘的其他流贼，纷纷偃旗息鼓，或逃匿深山、或接受招抚。可以说，战乱多年的陕西仿佛看到了和平的曙光。
洪承畴、孙传庭在陕西，熊文灿、杨易在湖广、河南剿贼都取得重大胜利，朝野上下欢欣鼓舞，尤其是崇祯，控制不住的喜悦之情溢于言表，宠幸后宫的频率明显增多，好几个宫女在他看捷报时得到了宠幸。在史书中被标注为勤勉而不是好色荒Yin的崇祯，也终于荒唐了几回，召后宫嫔妃多人同时侍寝，可苦了御膳房的厨子们，绞尽脑汁的搜集滋补食材为皇爷补身子。