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龟缩回了深溟国度遥控自己的信徒，地球上的战争仍在继续。
深溟教用母神赏赐的污血制造了“万能药”，实则是母神克制了污染没有转化他们，是“饵”，而深溟教大肆传播万能药。
盟会清扫行动执行后，各种布局都展露出来，再加上几个世界之子的搅局、段奕的背刺，深溟教早遭到了重创。
但深溟教并非真的什么都不做，他们联系了深溟国度的怪物，全方位袭击人类城市（和方野、九九六的猜测相反，溟嗣、溟触等并非是生物兵器，而是深溟国度的真正子民，飞船里被吃掉的智慧生物只是深溟国度畜养的食物、工具）。
城市的乱像导致了其他大陆上的外来种族趁机发起战争，东南西北均有外敌入侵。
而盟会正式进入战时状态，三线作战。
李修文御驾亲征，带领法家将关外的至深信徒屠戮一空，而道门和儒门联手御敌，将海疆冲上暗的深溟种族拦截。
地球旧址南东南防区外来科技种族入侵，多柱魔神配合死灵眷族与其开战。
而伊黎再次遭遇海兽冲击，圣院参与驻守。
赤国因敌人未主动攻击，维持戒备后在盟会抽调下汇聚数位神性生命，加入了核心的斩首队，潜入东南防区敌人后方实行斩首行动，收获颇丰。
但与此同时多个重点城市地下出现敌对物种袭击，死伤近千万人。
星岚内部，公主领深溟教叛乱，被李司辰带天卫拿下。
但她引入两尊神性生命在帝都开战，皇宫坍塌，帝都死伤过三十万人。
万能药发作，近五十万人被污染，汇聚的深渊辐射开始引导维度坍塌。
李修文回宫遇刺，天卫全军覆没，李修文被放逐。外来种族勾结，星岚被三方围攻，赤国紧急驰援。
方野与斩首队动身北上，雪疆外来种族被抹杀五亿活口，毙命三尊神性生命，两尊神性生命逃脱。
伊黎防线被海兽潮攻破，圣院所属阵亡半数。
利密图斯遭遇斩首，符文术师有生力量减半，战略武器库被毁。
利密图斯遭遇超凡战略武器轰击，四座大城市两千万人口消失，首都半数崩塌。
盟会予以还击，符文术师铸造环陆传送枢纽，斩首队以牙还牙，传送至东南敌对物种后方进行灭绝式屠杀。
喀慕拉遭遇围攻，上位魔神北上支援。
圣徒遭遇多位神性生命围杀，自爆。
斩首行动遭遇意外，丹家、连家家主战死，方野重创。
隐族异动，临阵脱逃，星岚防线被破，儒门门主断后身死。
上八魔神突袭失守星岚防线，夺回防区。
守墓人集体出动，赤国防区外敌歼灭。
异族求和，九九六坚决拒绝，方野带队清算异族，赤国精锐、魔神联合追杀敌方神性生命。
为期四个月战争落幕。
盟会陨落十六位神性生命，三位破格神性生命。
歼灭二十三位敌对神性生命。
收获大量科技和超凡技术，盟会短暂修养后，内部二次清算。
深溟国度的信息被挖掘出来。
深溟国度舰队群正在航行途中。
盟会紧急备战，超凡技术与科技结合，制造了太空舰队，阻击深溟国度。
在ta-22行星带双方碰面开战，神性生命弥补了技术上的差距，互有胜负。
宇宙战争被黎明号派出的探索队发现，识别到方野的光明神信仰读数，黎明号进行战备状态，大量自律歼灭舰启航远征。
黎明号舰队群介入战斗，科技压制深溟国度，同质化模组展开，拟造生命参与战争（陆子羽等人实际上是模组中模拟的缸中之脑）。
深溟国度节节败退，深溟母神被迫参战，发现至深没有
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