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医务处：专管诊病治伤，由安道全任统领。
发丘处：专管探墓寻陵，由石勇任统领。
外事处：专管迎来送往，接待宾客，由宋清任统领。
刑铭处：专管刑铭牢狱，按律执法，缉捕违法乱纪之徒，维护公共安全，由蔡福任统领。
绿林司法系统由明镜阁负责管理，由柴进任阁正，这明镜阁是王伦此次特意新成立的一个组织机构，与军机、政务两阁平级。
只因这几年梁山势力发展得过于迅速，人员构成更是日渐庞
杂，不免良莠不齐，违法乱纪，贪污腐化，作女干犯科之辈累出不绝。
晁盖、宋江在时，虽然也曾不断地进行过惩治，但却始终收效甚微，原因便在于法制不全，有着诸般管理漏洞，总是会被有心之人钻了空子，乘虚而入。
有鉴于此，王伦便效仿后世现代中国的纪委监察系统，设立了明镜阁，并建立起相应配套的法律，以维护绿林梁山的纲常法纪。
而在王伦身边的所有人中，只有柴进最为正直无私，公平公正，在一众头领当中又素有威望，王伦便想用柴进的一身浩然正气，杀一杀绿林中的歪风邪气。
明镜阁内暂时设立审判、督察、执法三处。
审判处：便是模仿后世的法院，行使审判之责，由裴宣任统领。
督察处：便是模仿后世的纪委、检察院，专司查察各类违法乱纪之事，由蔡庆任统领。
执法处：专职抓捕违律犯纪之人，由李忠任统领。
绿林军事系统由军机阁负责管理，由卢俊义任军机阁阁正，同时并任梁山军团军团长。
林冲任军机阁副阁正，兼任梁山军团总教习。
鲁智深任军机阁副阁正，兼任梁山军团副军团长。
吴用任梁山军团左总军师长，统管军机阁参谋处。
公孙胜任梁山军团右总军师长。
军机阁内设立参谋、军情、演训、武选、军纪、驭马、督造七处。
参谋处：专责参赞军机，推演军情，由朱武任统领之职，扈成
、朱贵、燕青、乐和、铁木华为参赞军师，朱贵仍兼任小王庄总管。
军情处：专责打探军事情报，刺查敌情，由时迁任统领，白胜为副统领。
演训处：专责军团各部的操演训练，由周通任统领。
武选处：专责选拔任用将校官士，招兵扩军，由薛永任统领。
军纪处：专责军中执法，奖惩维纪，由曹正任统领。
驭马处：专责军马饲选、培育，由皇甫端任统领。
督造处：专责督造各类军械用器，由林士远任统领，欧鹏（兼任）、邓飞（兼任）、孟康、侯健、凌振（兼任）、汤隆、樊瑞七人为分路统领。
梁山军团也进行了重新改组整编，由卢俊义为军团长，林冲为军团总教习，鲁智深为副军团长，吴用、公孙胜为左右总军师长。
梁山军团下辖五个军，以及四个军团直属独立师。
第一军由梁山军团总教习林冲兼任军长，下辖两个师，分别为花荣第一师，以及呼延灼第二师。
第二军由赵云任军长，下辖两个师，分别为原孙立独立第一师，现改为梁山军团第三师，以及原董平第八师，现改为梁山军团第四师。
第三军由梁山军团副军团长鲁智深兼任军长，下辖两个师，分别为原秦明第三师，现改为梁山军团第五师，以及索超第六师。
第四军由杨志任军长，下辖两个师，分别为原杨志第五师，现改为梁山军团第七师，并升调原第八师旅长
张清任师长，以及原关胜独立第二师，现改为梁山军团第八师。
第五军即是原来的梁山水军，现仍由李俊任军长，下辖两个师，分别为原阮小二水军第一师，
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